España irrumpió en el Caribe a fines del siglo 15 y   Cristóbal Colón se encontró a Borikén en su segundo viaje (1493) y la llamó San Juan Bautista.  El nombre de la isla se fue identificando con su principal puerto y terminó llamándose Puerto Rico.

Juan Ponce de León inició la conquista y colonización de la isla en el siglo 16 y, cuando Fray Bartolomé Las Casas convenció a la corona española de mejorar las condiciones de los indígenas, ya no quedaban muchos de los habitantes originales, los taínos.

El despoblamiento indígena aumentaba a medida que avanzaba el siglo 16; muchos murieron a causa de las enfermedades que trajeron los europeos, sarampión y viruelas, entre otras.  Otros, a causa de la explotación laboral en los yacimientos de oro.  Finalmente, un número considerable murió en la rebelión de 1511 refugiándose los sobrevivientes en la islas cercanas.  Estos unieron fuerzas con los caribes y crearon focos de resistencia contra los españoles hasta fines del siglo (1580).

Para sustituir a los indígenas en los trabajos de minería, se trajeron esclavos africanos temprano durante la colonización.  Estos procedían del Africa occidental desde lo que es hoy Mali hasta Nigeria y Angola. 

Pero los descubrimientos de grandes yacimientos de oro en México y Perú motivaron la partida de muchos residentes de la isla para probar fortuna en el continente. A mediados del siglo 16 (1546) se calculaban en 80 los cabezas de familia residentes en la isla. La menguante producción de las minas de oro obligó a orientar el desarrollo de la economía de la isla hacia la agricultura y la ganadería.

Entre 1550 y 1650 el azúcar se convirtió en el renglón más productivo de la economía de Puerto Rico.  Sin embargo, el nivel de producción no se sostuvo y para la segunda mitad del siglo 17 la isla suplía sólo el 5% del total de azúcar importado de las Indias a España.  El buen precio en Europa estimuló la expansión de la siembra de caña a las colonias británicas, quienes se convirtieron en los principales productores de azúcar en el Caribe.

El ganado y las siembras de jengibre fueron otros cultivos importantes durante los siglos 16 y 17.  Debido a la gran demanda que había en Europa por el cuero, la crianza de ganado prosperó rápidamente.  El jengibre, que llegó a América de Asia o África, se caracteriza por ser de fácil cultivo y, por esta razón, tuvo mucho arraigo entre los campesinos pobres.  Cuando Brasil se apodera del mercado de jengibre, el precio baja y Puerto Rico no sigue exportándolo.  El café sustituirá al té de jengibre en el siglo 18. 

La población de la isla se había reducido  a alrededor de 10,000 personas  para fines del siglo 17.  La tierra estaba dividida entre hatos, estancias y haciendas.  En los llanos de las costas estaban los hatos, grandes extensiones pobladas de árboles de guayaba donde pastaba el ganado.  Las estancias, pequeños lotes de terreno con una casa localizados en los márgenes de los ríos, cultivaban jengibre.  La hacienda era un pequeño predio, también cerca de un río, en el que se sembraban productos para el sustento de las familia, tales como yuca, plátanos, arroz y pasto para los bueyes que molían la caña de azúcar en el trapiche, que a diferencia del ingenio, utilizaba la fuerza del arrastre de los bueyes y no el agua para la molienda.

La poca densidad poblacional del siglo 17 puertorriqueño no propiciaba el desarrollo de una conciencia de identidad colectiva .  El que la isla careciera  de capital y no tuviera acceso a los mercados europeos fueron factores importantes en la creación de grupos de estancieros que preferían la proximidad de la Cordillera Central, donde se dedicaban al ganado, a la fiscalización de las autoridades coloniales.   Fueron ellos quienes empezaron a definir la personalidad colectiva puertorriqueña.

Muchos sucesos que ocurrieron en Puerto Rico durante la segunda mitad del siglo 19 tuvieron consecuencias significativas en los procesos históricos del siguiente siglo.  El Grito de Lares en 1868 fue un intento por independizar una de las últimas colonias del irreparablemente débil imperio español.  Sofocado rápidamente por el ejército, se convirtió, sin embargo, en emblema para los movimientos de independencia durante gran parte del siglo 20.

El gobierno español concedió a Puerto Rico un gobierno autonómico en 1897 - régimen que debía evolucionar en la independencia.  Actualmente, el autonomismo todavía tiene apoyo entre algunos sectores políticos como opción al status colonial del país.

Un suceso que provocó indignación en la historia del siglo 20 puertorriqueño fue la Masacre de Ponce  ocurrida en 1937.  Una parada  se torna en tragedia al morir ciudadanos a manos de la policía.